小倉藩軍が、小倉城から書類や物品を持ち出したのは9月9日のことでした。しかし、この長州征伐（幕長戦争）は、9月2日に休戦となっていたのです。

なぜ小倉藩軍は戦い続けていたのでしょうか。

幕府側で休戦を推し進めたのは、のちの15代将軍・徳川慶喜でした。徳川慶喜は長州藩との休戦交渉のために、軍艦奉行を務めていた勝海舟を広島に派遣します。

勝海舟は厳島で長州藩代表の広沢真臣・井上馨らと交渉。小倉口、芸州口、石州口の各戦線で休戦する協定が9月2日に成立しました。

ところが、小倉藩への深い恨みを持つ長州藩はこの協定を無視し、小倉藩への攻撃をやめなかったそうです。小倉藩にとって不運だったのが、他の戦線が協定通り休戦したこと。これにより長州藩軍の兵力が増強します。

9月9日に小倉城への突入を許した長州藩軍ですが、10月4日には蒲生村、守恒村を、5日は志井村、7日には高津尾村を攻めます。そして長州藩軍は母原口から平尾台に突入。平尾台を占領します。

多くの防衛拠点を失った小倉藩は、戦を続けることが厳しくなり、薩摩藩、熊本藩の仲裁のもと、長州藩との停戦交渉を開始します。

豊千代丸（のちの第10代小倉藩藩主・小笠原忠忱）を人質に要求されるなど、交渉は難航しましたが、翌慶応3年（1867年）1月26日に和議が成立。小倉藩は藩の中心である小倉城下と企救郡を長州軍に明け渡し、事実上の降伏となりました。

これにて小倉戦争は終了。

期間としては7ヶ月足らずではありましたが、小倉藩にとっては長く苦しい戦いだったことでしょう。そして間もなく、長らく伏せられていた第9代小倉藩藩主・小笠原忠幹（ただよし）の死が公表されました。