島村は、元治元年（1864年）の第一次長州征伐、および慶応2年（1866年）の第二次長州征伐で、一番備の士大将（さむらいだいしょう）として小倉藩軍の最高責任者を務めます。

ここで、小倉藩きっての“智勇兼備の名将”が存在感を発揮します。

第二次長州征伐内での戦のひとつ「小倉戦争」で、小倉藩は大苦戦します。慶応2年（1866年）6月17日に始まった「田野浦の戦い」で大惨敗、7月3日の「大里の戦い」でも敗戦し、後がなくなります。

ここで小倉藩は防衛体制を再編。赤坂地区に熊本藩軍を配属しました。その甲斐あって、次の「赤坂の戦い」で小倉藩は勝利を収めます。

島村は大里の戦い前夜から体調を崩していたそうですが、赤坂での激戦を聞き、救援に駆けつけたとの記録が残されています。

しかしここで総督の小笠原長行が戦線を離脱し、小倉藩は絶体絶命の窮地に追い込まれます。戦いの大義名分も失い、以降は長州藩との「私戦」へと発展します。

孤立した小倉藩は「力の限り防戦した上で小倉城を開城する」という方針を決定。

しかし、家老の小宮民部が独断でこの決定を覆します。
小倉城を自焼し、小倉藩は田川郡香春まで撤退することに。“政敵”小宮の判断は、島村にとっては寝耳に水のことだったといわれています。

香春に撤退した小倉藩は、島村中心に軍を再編します。

企救郡南部の金辺峠［きべとうげ］（小倉南区呼野と田川郡香春町採銅所を結ぶ峠）及び狸山（現在の小倉南区朽網東）に防衛拠点を築き、高津尾（現在の小倉南インター近く）を前線基地として長州軍に遊撃戦を挑みます。

島村率いる小倉藩軍の奮闘は長州藩軍を慌てさせるも、勝利までには至らず。10月には長州藩軍が平尾台を占領します。

島村軍は金辺峠へ撤退しますが、それでも長州軍の攻撃は止まりません。

防戦一方となった小倉藩の内部では、止戦の話も出始めました。死力を尽くして戦ってきた島村も、これ以上の戦闘は難しいと考え止戦の提案を承諾。

小倉藩は長州藩との停戦交渉を開始します。交渉は難航しましたが、翌慶応3年（1867年）1月26日に和議が成立。小倉藩は藩の中心である小倉城下と企救郡を長州軍に明け渡し、事実上の降伏となりました。